Huawei P9 được trang bị màn hình kích thước lớn 5,2 inch độ phân giải Full HD cùng mật độ điểm ảnh đạt 480 ppi. Trong khi đó, các thiết bị cao cấp đến từ các hãng khác đều sử dụng màn hình độ phân giải 2K, 4K, vì vậy việc sử dụng màn hình Full HD của điện thoại Huawei P9 đều có khả năng hiển thị của máy có phần thiếu độ chi tiết, đặc biệt là game có đồ họa cao. Ngoài ra, việc sử dụng tấm nền IPS cũng làm màn hình cảm giác thiếu đi sự sống và nịnh mắt như tấm nền Super AMOLED.
Ngoài ra, 3 phím cơ bản của Android cũng được đặt vào trong màn hình chính giúp cho người dùng trải nghiệm tốt hơn.
Với 3 phím cơ bản của Huawei P9 được đặt vào trong màn hình giúp tiết kiệm diện tích của phần trên và dưới nhưng lại làm hạn chế sự trải nghiệm của người dùng, đặc biệt khi sử dụng bàn phím ảo, gõ phím cách dễ nhầm với nút Back hoặc Home. Đây chính là vấn đề mà nhiều nhà sản xuất di động cũng gặp như HTC hay Sony.
Tuy nhiên, khi xem video hoặc chơi gaem thì 3 phím bấm này sẽ tự động biến mất để trải lại diện tích của màn hình. Sau đó chỉ cần kéo từ dưới lên để dãy phím hiện lên.